Come ripulire foramniferi.

Nel capitolo precedente, dove si è parlato di Trattamento d'Immagine XIII: Focus stacking e macro ho introdotto l'acquisizione di immagini utilizzando tecniche di foto stacking e l'utilizzo di macro. Premetto che sono assolutamente alle prime armi e quindi ho molto, moltissimo da imparare, chiedo venia quindi se utilizzerò' termini inappropriati o tecniche da far cadere i capelli. Ma dato che chi non risica non rosica, bisogna ben pure partire da qualche parte... Il sistema di acquisizione delle immagini si è basato sull'impiego di uno zoom 70-300mm montato su una reflex Nikon D3300, e l'utilizzo di un obiettivo da microscopio 4X che sullo zoom a 300m mi da un ingrandimento di circa = 6.7x. L'obiettivo si avvita su un anello adattatore a passo RMS (Royal Microscopy Society) e davanti all'obiettivo della macchina fotografica. Questo obiettivo (di buona qualità per chi inizia) è piu' che sufficiente per cominciare ad acquisire dettagli interessanti di micro fossili o di piccoli organismi quali, in questo preciso caso, di foraminiferi . In casa ho la fortuna di avere un sacchettino contenente della marna pliocenica che, una volta disciolta in acqua, passata nell'acqua ossigenata e filtrata, ha fornito un'associazione di clasti, teche di foraminiferi, ostracodi, radioli di echinidi, gasteropodi, lamellibranchi e cosi' via. Un ago ed uno stuzzicadenti umido mi hanno permesso di poter esplorare e selezionare dal residuo, tramite l'ausilio delle stereomicroscopio, i piccoli organismi e porli sopra un portaoggetti in plexiglas. Le foto per ora sono quello che sono e mi trovo di fronte a qualche problema tecnico, legato principalmente al movimento impercettibile della finestra della reflex che quando si apre e si chiude dà origine ad un micro-mosso che non permette di ottenere delle immagini completamente nitide quando osservate a 100%. Ridurre i tempi di posa aumentando la luce disponibile è già una probabile soluzione, questo verrà risolto prossimamente, forse, con l'acquisizione di una lampada led composita (81 led) ed estremamente luminosa (1000 lumen). Al momento utilizzo delle lampade led Ikea che fanno il loro mestiere (220 lumen). Le foto sono il risultato della fusione di circa 100 immagini, acquisite con scarti dell'ordine di 10-20µm, compilate su Helicon Focus e rifinite su Photoshop. Di seguito una carrellata di foto, senza identificazione, che mettono in evidenza i risultati che si possono ottenere con questo tipo di attrezzature. Come detto in precedenza, nonostante risultino "belle" come foto, sono decisamente migliorabili, soprattutto nel dettaglio. Qui credo che il buon @guido.gherlenda avrà da insegnarmi parecchio... :-) L'unità rappresentata nelle foto corrisponde ad un centesimo di millimetro, quindi la lunghezza totale della scala è uguale ad 1 mm.

Purtroppo un membro del nostro forum ci ha lasciati. Persona disponibile e ricca di suggerimenti nel settore della microscopia, è stato un eccellente personaggio a livello nazionale per competenza e conoscenza.

Di questo argomento ne abbiamo già parlato in un post precedente ( https://www.trilobiti.com/forum/microscopia-e-ottica/trattamento-dimmagine-iv-stacking-e-fusione ), ma il sistema che in origine si basava su una camera fotografica ed un treppiede è "evoluta". Ho acquisito un sistema per poter effettuare fotografie/macrofotografie ad alti ingrandimenti che si basano sul "focus stacking", cioè la fusione di decine, vedi centinaia, di immagini acquisite con scarti di decimi di millimetro (o addirittura si parla di micron) per poter ottenere un'immagine finale ad altissima risoluzione ed estremamente dettagliata. Il sistema in questione si basa su un "binario" (rail) che si muove spinto da un motore ed una vite senza fine, con scarti estremamente bassi. Nel mio caso, si tratta di un sistema QOOL RAIL 250 prodotto dalla https://www.mjkzz.de Ad esso, fissato in verticale su un Copy Stand della Falcon Eyes, è agganciata una camera fotografica reflex (una banale Nikon D3300) ed un obbiettivo macro per poter effettuare le acquisizioni fotografiche. La camera é collegata ad uno schermo di computer via cavo HDMI (questo permette di avere una migliore visione della messa a fuoco rispetto al minuscolo schermetto della fotocamera). Il computer associato al binario, permette di settare il numero di scatti (funzione dello scarto definito), i tempi di acquisizione, la velocità, la gestione del flash esterno e molto altro. Nella foto successiva il sistema al momento come si presenta: Uno dei primi test effettuati con il sistema (quasi) definitivo è stato fatto su un trilobite, Eldredgeops rana, che presenta delle peculiari chiazze circolari, traccia di probabili zone a-pigmentate che erano utilizzate per mimetismo. L'acquisizione è stata effettuata con un passo di 0.4mm ed un totale di 105 immagini. Una volta settato l'inizio dell'acquisizione, la fine della stessa ed il numero di immagini (o micron, il passo, che il motore compie tra una foto e la successiva) si lancia l'acquisizione. Il computer comanda motore e camera fotografica, quindi si va a prendere una birra, gazzosa o caffé e si lascia il tutto operare... Alla fine nella carta della camera fotografica si ha una serie di foto che si passano direttamente nel software di trattamento per compiere il focus stacking (fusione di immagini) ed ottenere un'immagine a fuoco completa (vedi il capitolo in cui si parla di questo argomento). Sotto un'immagine "raw" non trattata e parte dell'insieme di fotogrammi acquisiti (dimensioni 6000x4000 pixel); si osservi come la parte a fuoco sia presente nella parte "distale" (più lontana all'obiettivo) mentre la parte piu' prossima sia sfuocata. Questa è una delle ultime foto acquisite, e prima di questa ne sono state scattate 104 in direzione dell'occhio situato in primo piano (sfuocato nell'immagine)... Il software in particolare che presento di è Helicon Focus (https://www.heliconsoft.com/) leader nel settore del focus stacking, utilizzato sia nella fotografia classica, che nella macro, microscopia e dove si rende necessario creare immagini a fuoco e di qualità. La cosa che mi ha assolutamente stupito è la velocità con cui questo programma analizza, allinea, fonde e rende le immagini. Non è possibile paragonare con Adobe Photoshop, che sebbene faccia il suo "mestiere" è incomparabilmente MOLTO, MOLTISSIMO piu' lento di Helicon Focus. Non ho comparato i due, ma se per 105 immagini Helicon avrà impiegato poco piu' di 3 minuti (neanche) che PS minimo sarebbe occorsa una ventina di minuti... ! Inoltre le funzionalità del programma permettono differenti settaggi che non sono disponibili su PS. Sotto il risultato finale: Questa immagine è il rendering al 33%, mentre sotto è un settore visualizzato al 100%: Di seguito i tre rendering ottenuti utilizzando i tre metodi (A-B-C) disponibili sul software (click per ingrandire l'immagine): Il livello di dettaglio raggiunto è già estremamente interessante, e futuri test saranno compiuti utilizzando sabbie plioceniche con foraminiferi. Helicon Focus permette di effettuare rendering di modelli 3D soltanto sulla base delle immagini acquisite. Certo, è piu' una funzione "fun" che di una reale utilità (almeno in questo caso), ma il risultato permette di avere una resa tridimensionale interessante: Cliccate nel link sottostante per scaricare e visualizzare il video: