Trilobite design Italia by Di Silvestro Gianpaolo
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    EBo
    Jan 03, 2017
      ·  Edited: Feb 06, 2017

    Trattamento d'immagine I: bilanciamento colori, LAB e B/N

    in Microscopia e Ottica

    Una cosa che a me ha sempre affascinato è quello che le moderne tecniche di trattamento di immagini digitali possono fornire come risultato a partire da una "semplice" immagine acquisita via camera fotografica, microscopio, telefonino o satellite che sia. Diciamo che ne ho fatto un poco il mio mestiere, sebbene a scala molto più piccola (geograficamente parlando) con le immagini acquisite via satellite. Ma le tecniche restano le medesime.

    Mettiamo che abbia la foto di una spugna del Cambriano medio, proveniente dalla Wheeler Shale e che voglia smanettare per metterne in risalto le caratteristiche o altro.

    La spugna in questione è una Diagoniella robisoni (Rigby, 1978) di circa 1 cm di lunghezza:

    Associata ad essa si osserva il pigidio di una Elrathia kingii (in alto a sinistra), ed il cephalon di un agnostide è localizzato al centro della spugna stessa. La spugna silicea mostra la classica struttura a rete diagonale formante un pattern dovuto all'intersezione delle spicole, organizzate a differenti livelli.

    Utilizzando un programma di grafica professionale (Adobe Photoshop, GIMP o altri, tutto va bene) si può aumentare il contrasto lavorando sui livelli delle tre bande che caratterizzano l'immagine RGB (Rosso/Verde/Blu):

    L'immagine che si ottiene è leggermente più contrastata ed il giallo degli ossidi di ferro presenti sono un poco meglio visibili, avendo anche eliminato il tono blu/magenta che caratterizzava il colore della matrice, ora più vicino a quello d'origine. Ricordate che la sorgente luminosa è fondamentale quando si fanno acquisizioni. Un neon, una lampadina ad incandescenza, la luce solare, un led hanno composizioni e lunghezze spettrali differenti, queste fanno variare anche di molto la resa fotografica, ed una correzione dei colori è quasi sempre necessaria.


    A questo punto l'immagine sarebbe bella e pronta per poterla stampare, inserire in una pubblicazione o metterla in una presentazione. Ma andiamo un poco oltre. Mi piacerebbe "estrarre" la spugna dalla matrice per eventualmente effettuare delle analisi morfometriche minimizzando gli errori. Su Photoshop posso convertire la mia immagine da formato RGB a LAB, dove LAB è un formato composto da Lightness (luminosità) ed 'a' e 'b' sono due variabili parte della complessa formula che definisce la distribuzione spaziale dei colori (per approfondimenti leggere qui: https://en.wikipedia.org/wiki/Lab_color_space). Anche in questo caso lavoreremo sull'istogramma delle tre variabili muovendo i cursori sino alla base dell'istogramma. Il risultato psichedelico sarà il seguente:

    Abbiamo ora una ben netta differenziazione tra matrice e fossile. Questo risultato risulta già soddisfacente. Giocando con programmi di digital image processing un poco più avanzati si possono ottenere altre immagini che potrebbero evidenziare sottili differenze in tessitura e colore. Nella successiva immagine una analisi per Componenti Principali (vi risparmio la teoria che ci sta dietro) è stata effettuata come test [a sapere che questo tipo di analisi si effettua su immagini satellitari multispettrali e non sono solo tre bande disponibili come nel nostro caso, ma tant'è un test non costa nulla):

    Qui perdiamo parzialmente la tessitura della spugna, ma si guadagna nel contrasto rispetto alla matrice.

    La conversione dell'immagine LAB precedentemente calcolata in Bianco e Nero mi permetterà infine di ottenere solo il contorno della spugna stessa e determinarne ulteriormente le caratteristiche morfologiche della parte esterna dell'organismo:

    Questo tipo di trattamento è stato per esempio effettuato sugli invertebrati di Chengjiang per evidenziarne alcune caratteristiche e peculiarità delle parti molli non sufficientemente contrastate con il resto dell'organismo. Un tempo si utilizzavano i famosi filtri in gelatina Kodak Wratten per filtrare le immagini (sono certissimo che Enotria avrà da aggiungere il suo granello di conoscenza in materia) e contrastare alcuni colori, oppure i fossili venivano immersi in liquidi a differente composizione e densità come toluene o alcoli tipo etilico, propilico (e si fa ancora oggi).

    La possibilità di acquisire immagini in formato nativo (RAW) con le camere professionali digitali attuali permette di estrarre le informazioni richieste senza immergere i fossili in liquidi (non sempre possibile) e con notevoli risparmi di tempo e prodotti.


    To be continued con altre tecniche soon...

    3 comments
    Gianpaolo Di Silvestro
    Jan 03, 2017

    OK e adesso allora ti chiedo....se ho un corpo molle....

    e voglio evidenziarne SOLO i tessuti....che reagiscono all'UV se volessi utilizzare la tua tecnica come doveri approcciarmi? lo facciamo insieme?

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    EBo
    Jan 03, 2017

    Fammi avere un'immagine non compressa (tif o raw), se proprio non possibile un jpg ma non compresso. Se hai la possibilità di acquisire anche in UV ma senza muovere la camera sarebbe un NEC PLUS ULTRA. Si potrebbe combinare, dopo previa registrazione delle immagini, e creare un file più complesso a 4 bande e vedere che ne esce fuori con i softwares adatti.


    Gianpaolo Di Silvestro
    Jan 04, 2017

    Ti mando la foto del polpetto in giornata!

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    3 comments
    Andrew189
    Jun 29, 2021

    Benvenuto a me

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    EBo
    May 24, 2021

    Trattamento d'Immagine XXIII: Diffusori e risultati

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    EBo
    May 22, 2021

    Trattamento d'Immagine XXII: Prima e Dopo

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